現在為了說明中藥的科學化，符合西醫的標準，就要求中藥進行臨床試驗，但是現行的臨床試驗方法是為西藥量身定做的，根本不適用于中藥。
首先，受試者的納入標準，就是說選擇哪些病人參與試驗，西藥的選擇標準很簡單，一系列的實驗室檢查和影像資料就可以下診斷，符合要求就可以入選，然而，中醫的診斷，它不是針對病，而是針對證候，那么很多標準都是醫生主觀的判斷，舉個簡單例子來說，知柏地黃丸是治療陰虛火旺證候的經典方，陰虛火旺證候的典型脈象是細數，問題是不同的醫生對于脈象的把握不同，同一個病人，不同的醫生可以摸出不同的脈來，張醫生覺得這這個病人的脈象是細數，李醫生可能覺得這個病人是浮數，那么，應該以哪位醫生為準？
第二，安慰劑的選擇，雙盲實驗給部分病人提供安慰劑作為對照，西藥安慰劑還簡單，就拿面粉都可以做，因為西藥很多都是沒有什么特殊氣味和顏色，病人也不容易發現，但中藥不同，中藥普遍有濃烈的藥香味和特殊顏色，試想一下，病人拿到一個安慰劑聞一聞，沒有任何中藥香味，他絕對會懷疑這不是實驗用藥，而是安慰藥，那他還會堅持參與這場臨床試驗嗎？
第三，中藥治病，主要治的是“證候”，其次才是治療某種疾病和某種癥狀，目前對于中藥新藥的療效評價通常需要對疾病和證候進行全面的評價，但實際上是以治療疾病的效果評價為主，證候療效評價為輔，這種評價表面上看起來是全面的，但并不符合中醫臨床實際。舉例來說，要做一個知柏地黃丸治療陰虛火旺證的慢性腎炎的臨床試驗，從中醫的思路來說，觀察重點是陰虛火旺的各種癥狀改善，比如潮熱盜汗、五心發熱這些陰虛火旺癥狀是否消失，但是西醫觀察的重點是腎功能的指標變化，比如尿素氮、肌酐是否降低，那么中醫、西醫在評價中藥療效方面就出現了很大的分歧，病人陰虛火旺癥狀消失，但是西醫的腎功能指標沒有明顯好轉，該怎么評價藥物的效果？
第四，服用藥物后會出現各種不適，按照西藥的規則這屬于不良反應，這對于藥物的評價是負面的，但是中藥卻不一定，比如一個治療慢性腰腿痛的中藥，服藥之后病人的病情沒有緩解，疼痛還在短時間內加劇，按照臨床試驗要求，這個病人應該考慮終止試驗，但從中醫的角度看，這既有可能是藥不對癥，加重了病情，但也有可能是瞑眩反應，即身體經過治療后出現的排病反應，可理解為身體排毒、陽氣生發，是病情向好的方面發展。
中藥，尤其是經典中藥方子是經過上百年上千年的驗證，經過大量醫生、病人共同實踐認可的，遠比那些用小白鼠驗證出來的藥物更可靠，用現代西藥研發模式來證明中藥的效果是緣木求魚。
